軍配が上がる（ぐんばいがあがる） 相撲から来た言葉で、もとは行司が勝った側へ軍配を向けることを指しました。
もとの意味
行司が持つうちわの形の道具を軍配（軍配団扇）と言います。もとは戦場で武将が兵を指揮するのに使ったものです。
勝負がつくと、行司は勝った力士の側へ軍配を差し向けます。これが「どちらが勝ったか」を示す言い回しになりました。
今の使い方で気をつけること
勝敗が決まったことを指すので、「軍配が上がった」は「勝った」であって「有利になった」ではありません。
同じ相撲から来た言葉
相撲の用語は、今も土俵の上で現役で使われています。日常語になった時点で意味が狭まっているものが多く、もとの意味を知ると使い方のずれが見えます。
言葉の由来は、文献ではっきり跡をたどれるものがごくわずかです。ここに載せているものも大半は「そう言われている」段階で、一次資料で確かめたものではありません。広く知られている説を中心に挙げ、断定できないものは「〜という説」と書いています。